De representerer foreningen av to eller flere aminosyrer gjennom en forbindelse mellom originalen og peptidene. I produkter og proteiner er disse bindingene relatert til peptidbindinger og resultatet av reaksjonen av karboksylgruppen, med aminogruppen til en annen, med eliminering av et vannmolekyl.
Den peptid -binding (-CO-NH-) er vanligvis representert som en enkeltbinding. Uten har imidlertid en rekke egenskaper som tilnærmer seg som en dobbeltbinding. Siden nitrogen er mindre elektronegativ enn oksygen, har CO-bindingen 60% dobbeltbindingskarakter mens CN-bindingen er 40%. Derfor har CO- og NC-bindingene til peptidbindingen mellomegenskaper mellom enkeltbindingen og dobbeltbindingen. Faktisk er de interatomiske avstandene målt i CO- og CN-bindingene mellomledd mellom enkeltforbindelsene og dobbeltbindingen. Dette atomarrangementet er stabilisert av resonansslik at de seks atomer involvert i dannelsen av peptidbindingen er inneholdt i samme plan.
En annen viktig konsekvens av resonans er at den øker polariteten til peptidbindingen og etablerer et dipolmoment (høyre figur i tabellen ovenfor). Av denne grunn kan hver peptidbinding delta i to hydrogenbindinger. I en av dem fungerer -NH- gruppen som en hydrogendonor, og i den andre fungerer -CO- gruppen som en hydrogenreseptor. Denne egenskapen bidrar betydelig til den tredimensjonale foldingen av proteiner, som vi vil se senere.
Den delvise naturen til dobbeltbindingen forhindrer fri rotasjon av bindingen som forbinder C- og N-atomene i peptidbindingen. Denne stivheten i dobbeltbindingen begrenser peptidens konformasjonsmuligheter. Det er to mulige konfigurasjoner:
- Cis-konfigurasjon: de to Ca-ene er på samme side av dobbeltbindingen.
- Trans-konfigurasjon: de to Ca-ene er på en annen side av dobbeltbindingen.
Det skal bemerkes at peptidbindingen generelt er representert som en enkeltbinding. I alle fall har den flere egenskaper som gjør at den er nær en dobbeltbinding. Derfor nevner spesialister generelt at en peptidbinding har egenskaper som plasserer den halvveis mellom en enkeltbinding og en dobbeltbinding.
