De anaerobe organismer er helt motsatte av aerobe organismer, de bruker ikke diatomisk oksygen til vekst, metabolisme og differensiering, disse fungerer med forskjellige forbindelser, noe som gir en underklassifisering hvis nevnte mikroorganismer fungerer med en kjemisk forbindelse som kalles pyruvat, sier Metabolisme er gjærende (de bruker gjæring), derimot, det er et annet stoff enn pyruvat, hvis det står at det er en organisme som praktiserer anaerob respirasjon.
Fermentering består av å skaffe kjemisk energi fra en katabolisk prosess og uferdig eller ufullstendig oksidasjon av en organisk forbindelse, i henhold til sluttproduktet kan den klassifiseres i alkoholfermentering siden den genererer etanol, melkesyregjæring produserer melkesyre, smør gjæring, blant andre; på sin side består anaerobe respirasjoner av en transportkjede for elektroner som vanligvis ligner den for aerob respirasjon, men i stedet for den endelige akseptoren er oksygen, i dette tilfellet vil det være en hvilken som helst forbindelse av uorganisk natur.
Akkurat som det er aerobe bakterier, eksisterer også anaerobe bakterier som kan leve uten oksygen, noen av dem finnes i menneskekroppen på steder der det ikke er tilstedeværelse av oksygen, for eksempel i tykktarmen der de fungerer som putrefaktive bakterier. Avføringsmateriale, i henhold til dets motstand mot oksygen, kan klassifiseres som: obligatoriske anaerobe bakterier, disse kan ikke vokse i områder der det er tilstedeværelse av oksygen siden det er skadelig og kan forårsake utslettelse, aerotolerante bakterier vil aldri bruke oksygen til metabolske prosesser. men kan leve i oksygenholdige omgivelser, fakultative anaeroberde kan bruke oksygen som den siste elektronakseptoren, men hvis de er i miljøer der det ikke er oksygen, bruker de gjæringsveien.
